SimSearch: Nytt kraftfullt verktyg i arbetet med biologiska mikroskopsbilder
Ida-Maria Sintorn utvecklar, tillsammans med sina kollegor inom projektet SimSearch, ny teknik för bildbearbetning av mikroskopibilder. Fokus är att göra det enklare, snabbare och säkrare för forskare att välja relevant information ur stora mängder data. Och samtidigt ha kvar kontrollen över den egna datan. Med en plats i VentureChallenge hoppas Ida-Maria att arbetet med att integrera mjukvaran i mikroskop kan ta fart på allvar.
Ida-Maria Sintorn är professor vid Institutionen för informationsteknologi, Uppsala universitet. Att erbjuda experter ett verktyg som gör det enklare att hitta ”nålen i höstacken” vid arbete med stora mängder bilddata är drivkraften i hennes arbete.
En första version av SimSearchs analysplattform är inte långt borta. En prototyp är publicerad, ett verktyg är på plats och en strategi finns för hur det nya verktyget kan integreras inom forskningen.
– Den metod vi utvecklar gör det möjligt att enklare och snabbare hitta det man söker i stora mängder data. Lösningen innebär därmed också en ökad möjlighet att begränsa bildtagningen och i ett tidigare skede än nu fokusera på det som är intressant. Det är ett kraftfullt verktyg som stärker den enskilde forskarens möjlighet att behålla kontrollen och bestämmanderätten över sin egen analys. Ett verktyg som vi hoppas kommer att integreras och bli en del i de mikroskop som används idag och en naturlig del i framtidens mikroskop.
Kraftfullt verktyg integreras i mikroskopet
Att kunna analysera data där den skapas gör att det blir möjligt att utnyttja mikroskopen bättre. Genom att bygga in Simsearchs verktyg i mikroskopet blir det möjligt att tidigare och snabbare upptäcka det som är intressant, fokusera på den informationen och arbeta vidare med bilder som verkligen är relevanta.
– Den teknik vi utvecklar hoppas vi blir ett kraftfullt redskap som förbättrar mikroskopens möjlighet att ge användaren bättre information. Vårt fokus är att bidra när det gäller bildanalyser av mikroskopibilder inom många områden, som till exempel vid diagnostiskt arbete, sjukdomsforskning och inte minst vid tester av nya läkemedel där forskarna behöver se och förstå hur cellerna fungerar och reagerar. Men även inom andra områden.
Professor Ida-Maria Sintorn fick tillsammans med Dr Ankit Gupta och Professor Carolina Wählby, även ta emot UU Innovations pris för attraktivt innovationsprojekt.
VentureChallenge ger möjlighet att boosta arbetet
Hos Ida-Maria finns ett starkt driv och lust att vara med och nyttiggöra forskning. För henne är VentureChallenge en fin möjlighet att få stöd och hjälp i det arbete som krävs för att ta verktyget hela vägen. Att vara ett av de tre första projekten som tar plats i VentureChallenge menar hon är inspirerande och tajmingen är perfekt – Ankit Gupta, doktoranden som är den tekniska stjärnan bakom SimSearch disputerade i december 2023.
Samverkan med näringslivet i fokus
– Jag brinner för att ta forskning vidare och att samarbeta med industrin. För oss är VentureChallenge ett fantastiskt stöd och fin hjälp att komma i gång. Min forskarprofil har ett starkt inslag av lust att samverka med näringslivet. Jag vet också hur svårt det kan vara och hur mycket det är man behöver lära sig. Det är spännande att se vilken potential forskning har. Att göra allt själv är omöjligt. Det behövs bra samarbeten. VentureChallenge är en sådan möjlighet.
Drivkraft att lösa problem
För Ida-Maria är drivkraften och inspirationen när det gäller att ta forskning vidare att hitta lösningar där de saknas. Som hon ser det finns så mycket bra forskning men ofta är steget stort när det handlar om att ta det vidare och använda det. Ida-Marias fokus är att hitta och försöka tillämpa forskning där en pusselbit saknas, där glappet finns. Att få arbeta med så många unga och smarta doktorander ser hon också som en boost i det egna arbetet.
– Om jag, till exempel, kan bidra till att Ankit utvecklas som forskare och innovatör så tror jag det kan ge stor nytta för samhället framöver. Det gläder och inspirerar mig.
På samma sätt ser Ida-Maria att arbetet med Uppsala universitet Invest innebär stora möjligheter att boosta arbetet framåt.
– Vi behöver hjälp att lära oss mer hur man gör när man tar forskning vidare, få veta vad som krävs och klara utmaningarna vi har framför oss. Samarbetet är ett stort stöd för oss och om man bara ska beskriva det vi hoppas få med två ord är det hjälp och pengar. Att få pengar och hjälp att lära sig hur man gör i kombination med en fin möjlighet att utöka vårt nätverk för att lite slarvigt uttryckt – få ännu mer hjälp och på sikt mer pengar i form av investeringar i bolaget.
Integrerat i mikroskopen om 5 år
Om man spanar framåt i tiden är svaret på frågan om var SimSearch befinner sig om 5 år, vad man har åstadkommit och var man står det här från Ida-Maria:
– Det är svårt att sia framåt och avgöra om 5 år är en lång tid eller kort tid i det utvecklingsarbete vi har framför oss. Min erfarenhet är att tiden går väldigt fort och att det hinner hända så mycket både i projektet och omvärlden på vägen. Men jag hoppas att vi om 5 år samarbetar med ledande mikroskoptillverkare som förser Iab både inom akademin och industrin med utrustning, att vår mjukvara är integrerad i mikroskopen från start och på ett kraftfullt sätt underlättar och effektiviserar arbetet med biologiska mikroskopbilder.
Läs mer om VentureChallenge här
Prenumerera på Uppsala universitet Invest nyhetsbrev
Aktuellt
Visa:
Bara en droppe blod är vad som behövs för att möjliggöra olika analyser i ett blodprov med hjälp av SampleFacts nytänkande lösning – som inte är ett blodrör utan ett smart papperskort med ett unikt dubbelt membran. Bloddroppen separerar i två fraktioner, celler och plasma, på ett och samma kort – prover som i torkat skick öppnar nya möjligheter för forskare, vården och enskilda patienter. Möt bolagets vd Maryam Poorafshar som siktar på ett snabbt fortsatt utvecklingsarbete.
Att förstå hur elakartade hjärntumörer uppstår och utveckla ny möjlig behandling står i fokus för Fredrik Swartling, lektor vid institutionen för immunologi, genetik och patologi, Uppsala universitet och hans forskargrupp vid Rudbecklaboratoriet. Siktet är inställt på att med stöd av ett stamcellsprotein utveckla en möjlig klinisk behandling riktad mot de celler som man bedömer bidrar och orsakar återfall hos både barn och vuxna vid malign hjärntumör.
En möjlighet att behandla en av våra folksjukdomar på ett helt nytt sätt står i fokus för Karl-Henrik Grinnemo och teamet på AVulotion. Det handlar om hjärtat och en ny metod att behandla konsekvenserna av en hjärtinfarkt och förhindra hjärtsviktsutveckling. Mycket av utvecklingsarbetet är klart och även om en hel del arbete återstår är planen att redan inom de närmaste åren kunna erbjuda ny förbättrad vård vid behandling av hjärtinfarkt.
Readily med Liza Löf i spetsen utvecklar ett helt nytt snabbtest som har samma höga känslighet som dagens PCR-tester. Tekniken är ursprungligen utvecklad av forskare på Ulf Landegrens lab i Uppsala och baseras på padlock probes eller så kallade hänglåsprober. Arbetet går snabbt och redan 2024 vill man erbjuda det som ett forskningstest och som ett diagnostiskt CE-märkt test 2027 för användning på bred front.
FUHS, föreningen universitetsholdingbolag i Sverige årsbok för 2023 är här. I årsboken presenteras data från vad de samlade insatserna från universitetsholdingbolagen har inneburit i antal bolag, följdinvesteringar och genererade arbetstillfällen för Sverige.
Efter en lyckad premiär förra året startar nu ansökningsperioden för VentureChallenge 2024. Mateo Santurio, Investment Manager, UU Invest och teamet på UU Innovation är redo och ser fram emot nya intressanta projekt och idéer sprungna ur forskningsresultat från Uppsala universitet
Uppsala universitet Invests portföljbolag Mind Intelligence Lab erbjuder teknik som gör det möjligt att i tidigt skede upptäcka och bedöma hotfull kommunikation och riskprofiler. Nu tar Joel Bollö över rollen som vd i bolaget.
Tobias Sjöblom är prefekt för Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet och leder en forskargrupp inom cancerprecisionsmedicin. Via medel i höstens utlysning av VentureChallenge har Tobias och hans forskargrupp kunnat fullfölja patentansökan för en ny biomarkör.
Oscar Verho och hans forskningsnätverk har siktet inställt på att skapa effektivare sätt att producera bränslen från vatten. Vägen dit går via ett avancerat tvärvetenskapligt utvecklingsarbete och en hållbar och effektiv elektrod med potential att göra grön vätgasproduktion mer kostnadseffektiv.
UU Invest huserar ditt projekt så att du kan knyta nödvändiga avtal med samarbetspartners, anställa nyckelpersoner för att utreda eller utveckla konceptet. Men även hjälpa till ”hands on” i förhandlingar och strategiarbete.
PapersHive är ett av UU Invests ca 55 portföljbolag. Med en AI-baserad sökteknologi samlar bolaget information från samtliga medicinska databaser på ett och samma ställe.
För att säkra en god vård och behandling av cancerpatienter kan automatiserad bildanalys komplettera manuell cancerdiagnostik.
Nikos Fatsis-Kavalopoulos VD för RX Dynamics AB berättar om CombiANT®, en uppgradering av petriskålen för att testa kombinationsbehandlingar med hjälp av artificiell intelligens.
Alina Castell berättar om MyCural Therapeutics och nya behandlingsmöjligheter av aggressiva cancertyper. UU Invest hjälper till att resa kapital i projekt från Karolinska Institutet.
Bolaget Mind Intelligence Lab ska ta in kapital via nyemission. Läs intervju med Lisa Kaati, grundare och forskningschef i bolaget.
Om Symptoms Europe och arbetet med att förenkla och förbättra patientens och läkarens dialog. En intervju med Emelie Gustafson, VD.
– Det vi erbjuder är en mjukvaruplattform som möjliggör federerad maskininlärning i stor skala, säger Andreas Hellander vd Scaleout.
– Optima Planta är i en spännande fas. Utmaningen är att bredda vårt sortimentet, finslipa och vidareutveckla tekniken och skala upp vår verksamhet. Möt bolagets vd Lennart Sör och affärschef Robin Johansson, Optima Planta.
– Vi erbjuder ett smart, överskådligt system som är lättarbetat och ger alla info och överblick i den dagliga driften, säger Fabian Haglund, vd Storesprint.
Siktet är inställt på ett akut globalt problem – hållbarhet. Med ett nytt didaktiskt verktyg vill Leif Östman skapa förståelse, engagemang och hopp hos elever och lärare runt om i världen.
KRÖNIKA #4. Att peka mot slutmålet är inte samma sak som att bestämma alla delsteg mot det. Krönika #4 signerat Mamduh Halawa handlar om ATT LEDA.
KRÖNIKA Din innovation och din produkt formas av det du möter. Så gå ut och våga. Det är din tur nu! Inspireras av krönika signerat Sara Mangsbo, Universitetslektor vid Institutionen för farmaci, Immunonkologi, Uppsala universitet och entreprenör med inriktning på cancervaccin och immunterapi.
Parkinsons sjukdom står i fokus för Daniel Petrini och teamet på Stardots. Med en ny digital hälsoplattform är förhoppningen att radikalt förbättra behandlingen av den komplexa sjukdomen.
Möt Gunilla Lundmark, vd UU Invest och Malin Graffner Nordberg, chef för UU Innovation. Med olika roller och spetskompetens arbetar de mot samma övergripande mål – att bidra i Uppsala universitets arbete att ta forskning vidare och nyttiggöra kunskap i samhället.
Helena Danielson vill veta varför och använda all sin kunskap inom kemi och biokemi för att hitta svar. Utbildning är hennes första prioritet, Högt upp på agendan står också att utveckla läkemedel där de saknas och förbättra de vi redan har.
KRÖNIKA#3 Idéer som tar sig till produktstadiet har ofta en gemensam nämnare – de skapas i hög grad tillsammans med kunden som ofta är i kontakt med produkten långt innan den är färdig.
Efter mer än 250 utdelade stipendier och 18 års arbete avslutar stiftelsen nu sitt arbete. Att flera av stipendiaterna arbetar på framgångsrika innovativa Uppsalabolag gläder Micael Lindström, kontorschef Handelsbanken Uppsala City.
Ulf Landegren och hans forskningsgrupp ligger bakom banbrytande forskning som lett till nya innovationer som framgångsrikt förvaltats och utvecklats i en rad olika bolag. Rarity Bioscience med vd Linus Bosaeus är ett av de senaste i raden.
KRÖNIKA Så nu har du ett problem – men vad kan du göra med det? Och hur finner du motivationen att göra något åt det? Krönika#2 signerad Mamduh Halawa, grundare och vd Zeeds App.
Airwatergreen och Drupps utgår från samma teknikplattform men agerar på två helt olika marknader.
Ägare med stort förtroende för grundarna och starkt intresse för omvärlden har varit drivande i bolagens framgång.
KRÖNIKA Ibland kan det vara bra att göra tvärtom. Istället för att gå runt och tänka på en produkt – tänk på ett problem. Krönika#1 signerad Mamduh Halawa, grundare och vd Zeeds App.
På kort tid har Zeeds App uppmärksammats och prisats. För Mamduh Halawa började utvecklingsarbetet parallellt med studierna till psykolog vid Uppsala universitet.
Ny utbildning från IPF fokuserar på hur tillväxtbolag kan stärkas genom en mer medveten och fokuserad ledarutveckling.
Maria Strömme är professor i nanoteknologi vid Uppsala universitet. Hennes drivkraft är att forskning ska göra nytta och kravet att lösningen har tydligt hållbarhetsperspektiv. Två ledstjärnor som visat sig vara ett vinnande koncept.
Att bidra till att nyttiggöra forskning är en självklarhet för Gunilla Lundmark, vd UU Invest AB. Allt handlar om att få idéer att växa där UU Invest kan liknas vid en katalysator i rollen som tidig investerare.
Anna Sågvall Hein, professor emerita har inspirerat många forskare att arbeta med maskinöversättning. och ihop med sin forskargrupp startat bolaget Convertus. Nu lämnar hon bolaget som inför nästa steg lyfts in i UU Invests dotterbolag UU Projekt AB.
Att göra tekniken köpbar har varit en utmaning för Ngenic som nu på ett avgörande sätt är med och bidrar till ett mer hållbart samhälle. Potentialen är enorm säger Björn Berg, vd i bolaget som tillsammans med sitt team nu tar bolaget till börsen.
Björn Berg är vd i investerar-nätverket PÄAB. Han har jobbat som investerare i mer än 30 år. Hela tiden med samma drivkraft och investeringsfilosofi – att på något sätt bidra till att världen blir lite bättre.
Antibiotikaresistens beskrivs som ett av de största globala hälsoutmaningarna framöver. Sara Thorslund är vd och en av grundarna i Gradientech AB, ett forskningsbolag som med ny teknik är redo att bidra i arbetet.
Rolling Optics har uppfunnit och patenterat världens mest högupplösta tryckteknik. Axel Lundwall berättar om bolaget som UU Invest var med och grundade 2005, efter ett samarbeten inom ramen för Uppsala universitets Projekt.